A rendőrség szerint a 2010. júniusi vezérigazgató-váltást követő gazdasági átvilágítás során a zrt. pénztárában hiányt állapítottak meg. A vizsgálat feltárta, hogy 2008 májusa és 2010 márciusa között - nyolc részletben - összesen 24 millió 904 ezer forintot vett fel a társaság korábbi vezérigazgatója, Berki Krisztián, aki a BRFK tájékoztatása szerint a pénzfelvételeket elismerte, de az összegek felhasználására magyarázatot nem adott. A BRFK szerint a közel 25 millió forint hiánya sikkasztás gyanúját vetette fel, ezért ismeretlen tettes ellen nyomozást rendelt el az ügyben.

Úgy tudni, a Nemzeti Adó- és Vámhivatal (NAV) is vizsgálódik a zöld-fehér futballcsapatot működtető gazdasági társaság tevékenységével kapcsolatosan. Az FTC Labdarúgó Zrt. korábban mintegy 500 millió forint ÁFA visszaigénylését kezdeményezte az adóhatóságnál, a vizsgálat ezzel összefüggésben indult.